Blue Moon começa no Japão e conta a história de Tooru Natsuki, uma colegial que acaba conhecendo um garoto muito gentil e educado... (Ah! É claro que acaba se apaixonando por ele). Tudo seria maravilhoso se esse garoto também existisse, ou se ao menos alguém o conhecesse no colégio Ishikawa. Natsuki passa a sofrer bullying, inclusive de sua melhor amiga, Kaede. Passando por cima disso tudo, a colegial (até então taxada de louca) tenta provar que o tal garoto realmente existe. Entre borboletas misteriosas, cemitérios e bandas punks, nossa Tsuki-chan faz amizades com brasileiras que aceitam ajudá-la nessa louca jornada.